К 1947 году были восстановлены штат и структура Института довоенного периода и до 1958 года практически не менялись. Научные исследования проводились отделениями пищевой гигиены с контрольно-аналитической лабораторией, гигиены водоснабжения, гигиены очистки населенных мест, промышленной гигиены, организации здравоохранения и санитарной статистики, бактериологической лабораторией.
Этот период ознаменовался началом становления отечественной школы токсикологов под руководством профессора К.С.Шадурского, последователями которой были белорусские токсикологи К.А.Вятчанников, С.Ю.Буслович.
В связи с индустриализацией сельского хозяйства, внедрением в практику средств защиты растений проводились работы, целью которых была гигиеническая оценка условий труда колхозников и рабочих машинно-тракторных станций и разработка рекомендаций по контролю за применением ядохимикатов (Г.И.Пашковская, А.Ф.Селезнев).
Особое место занимали исследования по гигиене стекловолокна (А.Т.Сиденко), строительных материалов (Б.А.Вилисов, И.Г.Целуйко), предприятий торфяной промышленности (В.С.Бодяко, Г.А.Лужникова). Отдельным направлением исследований было изучение условий труда рабочих-подростков и учащихся училищ и школ фабрично-заводского обучения (А.М.Раскин, Е.И.Загорская).
Детальную разработку получили вопросы оценки питания и его влияния на физическое развитие учащихся школ трудовых резервов (Л.Ф. Ромыш). Водный Кадастр СССР был пополнен характеристикой водоносных горизонтов западных областей Беларуси. Был собран материал по минеральным водам страны с целью их бальнеологического использования.
В этот период институт являлся единственной базой республики по повышению квалификации санитарных кадров. Только за 1947-1948 г.г. на курсах, организованных в институте, прошли обучение 133 лаборанта и 98 районных государственных инспекторов.
Новый этап развития института начался в 1959 году, когда в его состав влилось республиканское научно-методическое бюро санитарной статистики. Частично за счет этого, а также в результате прироста новых штатных единиц в институте работал 61 человек, в том числе 29 научных сотрудников (5 кандидатов и 1 доктор наук). В 1963 году произошло объединение института с научно-исследовательской специальной лабораторией. Штат вырос вдвое. Это создало условия для формирования новых отделов и более интенсивного развития отдельных направлений исследований в области гигиены детей и подростков (1960 г.), предупредительного санитарного надзора (1961 г.), радиационной гигиены (1962 г.)

































